大专部:设有文学艺术系、经济系、机电工程系、基础部四个系部,文秘、会计、办公自动化、电子商务、计算机应用技术、计算机信息管理六个专业。1998年,南通市工人业余大学与上海华东理工大学联合办学,作为苏北唯一的函授站面向全市及苏北地区招生,开设药剂学、药剂与商贸(专科)等专业。2007年,重庆大学网络教育学院在南通市工人业余大学设立南通校外学习中心。