如皋市中医院是一所集医疗、科研、教学、预防、保健、康复为一体的综合性中医医院， 医院设有临床一级科室18个，临床二级科室10个，医技辅助科室13个，其中全国农村医疗机构中医特色建设专科2个（妇科、针灸推拿科）、江苏省中医重点专科1个（妇科）、江苏省基层医疗机构中医特色建设专科1个（脾胃病科）、南通市中医重点专科6个（妇科、脾胃病科、肛肠科、心病科、针灸科、肾外科）、南通市中医重点建设专科4个（肺病科、骨伤科、脑病科、乳病科）。